伊甸成立前20年間，服務快速發展，據點在全台遍地開花。為提升專業服務品質、取信於社會大眾，伊甸開始積極推動組織改造工程，2006年開始「區域化」的管理模式，增進內部溝通與整合。

2003年，創辦人劉俠逝世，為世人留下寬恕原諒、關懷弱勢，以及那愛人的初心。在第三個十年中，伊甸在服務中積極回應社會需求、與其互動，引進服務遊學概念的志工服務、推出零錢捐隨手行善理念，也開展象圈工程計畫，與各地社區攜手關懷弱勢學童。此外，在住宅議題上，藉友善家園計畫，推動居住無障礙理念，並在2013年正式啟用首座由民間經營興辦的社會住宅─台南大林雙福園區。

伊甸創辦人劉俠蒙主恩召，為世人留下寬恕原諒與愛人的初心，也使社會開始重視照顧者的種種壓力。2003年2月22日於大安森林公園舉辦歡喜赴約懷思音樂會，萬名社福、藝文界好友前來赴約。

伊甸引進在歐美國家行之有年的「WORKING HOLIDAY」服務遊學，以愛心旅遊模式參與志工服務，深入海內外提供陪伴、教學與關懷，讓公益改變從體驗開始。

邀請愛心通路店家加入「守護商店」行列，藉由擺放零錢箱，推行隨手行善理念，拉近社會大眾與公益的距離。

因為在服務中發現身障者的另一半多為外籍配偶，為協助新移民在生活適應上更加順利，伊甸自2002年起成立外籍配偶關懷，並於2006年更名新移民發展處，以愛無國界的精神，協助海內外弱勢家庭就醫、就學及就業需求。

起初與《遠見》雜誌合作小學生大未來系列專題，關懷偏鄉地區孩童就學權、營養等資源不足問題，後延伸於服務，與各地社區、教會等組織合作，提供快樂早餐、課後照顧與才藝學習服務。

2006年成立視障服務發展處，納入傳播中心、視障按摩就業、視障生活重建以及為視障及視多障者設立的日間托育中心，全面性的服務視障族群。

適逢25周年，伊甸舉辦擁抱募集行動，希望藉由擁抱消除社會大眾對身心障礙者的成見與歧視，並且拉近彼此距離，當天全台共募集超過7000個愛心擁抱。

活泉之家由精障者選擇自願加入會所，以社區服務模式為主體，在會所中可自由、自主的生活，並可參與會務工作，成為精障者進入社會的中介融合機構。

試辦「捷運心文化 從讓座起」活動，有座位需求的乘客可索取貼紙，為友善社會行動的一大步。

伊甸於大選前，偕同身障者進行模擬投票，點處圈選處空間窄小、圈選桌子及投票箱位置太高等問題，獲得中央選舉委員會承諾改善。

長期關懷弱勢社區，在莫拉克風災發生時，及第一時間協助受災戶安置、物資輸送，並啟動莫拉克風災弱勢社區家園重建計劃，幫助居民恢復生活。

2009年，伊甸與時任立委陳節如合辦「如何落實無障礙住宅公聽會」希望發展具體的無障礙住宅推動策略；爾後，伊甸藉由友善空間設計競賽，啟動友善家園計畫，呼籲重視身障及高齡長者住宅無障礙的需求。

伊甸邀請力克胡哲來台舉辦巡迴勵志及福音演講，感動四萬名觀眾，創下國內演講新紀錄。

伊甸盲人喜樂合唱團於2011年到非洲宣教34天，足跡遍及南非、史瓦濟蘭，以及俗稱垃圾山的莫三比克。此次宣教活動，充分發揮雙福的精神，突破安危，將福音傳播到大城小鄉，並募集到盲杖820支，贈予當地盲胞朋友們使用。

伊甸基金會舉辦「2012國際工作組織年度會議暨國際工作組織亞洲區會會員大會」，邀請來自澳洲、美國、日本、菲律賓、印度、荷蘭、英國、瑞典等22個國家地區，超過200位在各國推動身障者就業的主要行動者與會，分享身障者就業的理念，促進各國資訊交流。